data_LLE
# 
_chem_comp.id                                    LLE 
_chem_comp.name                                  "(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide" 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C23 H39 N2 O13 P S" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2019-08-22 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-09-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        614.600 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     LLE 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   Y 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        6SMP 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
_chem_comp.pdbx_pcm                              Y 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
LLE C4  C1  C 0 1 N N N N N N 14.698 -17.697 18.633 14.040  -0.683 0.273  C4  LLE 1  
LLE C5  C2  C 0 1 N N N N N N 15.639 -17.338 17.553 12.692  -0.204 -0.201 C5  LLE 2  
LLE C6  C3  C 0 1 N N N N N N 16.780 -17.960 17.510 11.602  -0.395 0.565  C6  LLE 3  
LLE C7  C4  C 0 1 N N N N N N 17.678 -17.600 16.432 10.311  -0.336 -0.013 C7  LLE 4  
LLE C8  C5  C 0 1 N N N N N N 18.900 -17.901 16.666 9.202   -0.167 0.792  C8  LLE 5  
LLE C10 C6  C 0 1 N N N N N N 22.855 -20.011 16.067 4.429   0.915  1.337  C10 LLE 6  
LLE C13 C7  C 0 1 N N N N N N 14.220 -15.610 20.004 15.610  -2.753 0.025  C13 LLE 7  
LLE C28 C8  C 0 1 N N N N N N 19.238 -29.836 9.883  -9.811  -0.560 -0.407 C28 LLE 8  
LLE O25 O1  O 0 1 N N N N N N 19.534 -32.681 8.623  -8.669  -3.248 0.789  O25 LLE 9  
LLE P24 P1  P 0 1 N N N N N N 18.300 -32.064 9.091  -10.342 -2.996 0.479  P24 LLE 10 
LLE O26 O2  O 0 1 N N N N N N 17.613 -33.039 9.919  -10.546 -2.386 2.074  O26 LLE 11 
LLE O27 O3  O 0 1 N N N N N N 18.436 -30.937 10.131 -9.943  -1.926 -0.807 O27 LLE 12 
LLE C29 C9  C 0 1 N N N N N N 20.127 -29.581 11.067 -9.457  0.296  -1.624 C29 LLE 13 
LLE C30 C10 C 0 1 N N N N N N 19.490 -28.518 11.914 -8.135  -0.189 -2.221 C30 LLE 14 
LLE C31 C11 C 0 1 N N N N N N 20.369 -30.805 11.911 -10.565 0.176  -2.672 C31 LLE 15 
LLE C32 C12 C 0 1 N N R N N N 21.383 -29.082 10.439 -9.317  1.758  -1.195 C32 LLE 16 
LLE O33 O4  O 0 1 N N N N N N 20.987 -27.870 9.839  -10.526 2.189  -0.569 O33 LLE 17 
LLE C34 C13 C 0 1 N N N N N N 22.508 -28.901 11.390 -8.173  1.889  -0.223 C34 LLE 18 
LLE O35 O5  O 0 1 N N N N N N 22.891 -29.838 12.027 -8.395  2.110  0.949  O35 LLE 19 
LLE N36 N1  N 0 1 N N N N N N 23.074 -27.718 11.441 -6.903  1.762  -0.655 N36 LLE 20 
LLE C37 C14 C 0 1 N N N N N N 24.190 -27.423 12.302 -5.797  1.775  0.306  C37 LLE 21 
LLE C38 C15 C 0 1 N N N N N N 24.130 -26.015 12.872 -4.471  1.614  -0.440 C38 LLE 22 
LLE C39 C16 C 0 1 N N N N N N 25.397 -25.708 13.612 -3.333  1.628  0.548  C39 LLE 23 
LLE O40 O6  O 0 1 N N N N N N 26.037 -26.610 14.082 -3.561  1.754  1.733  O40 LLE 24 
LLE N41 N2  N 0 1 N N N N N N 25.758 -24.440 13.715 -2.063  1.500  0.116  N41 LLE 25 
LLE C42 C17 C 0 1 N N N N N N 26.116 -23.810 14.973 -0.958  1.514  1.077  C42 LLE 26 
LLE C12 C18 C 0 1 N N N N N N 25.027 -23.154 15.821 0.368   1.353  0.331  C12 LLE 27 
LLE S44 S1  S 0 1 N N N N N N 24.242 -21.888 14.904 1.738   1.370  1.520  S44 LLE 28 
LLE C11 C19 C 0 1 N N R N N N 24.164 -20.182 15.407 3.199   1.171  0.464  C11 LLE 29 
LLE O19 O7  O 0 1 N N N N N N 24.301 -19.398 14.211 3.398   2.360  -0.303 O19 LLE 30 
LLE C3  C20 C 0 1 N N N N N N 22.100 -18.872 15.508 5.618   0.628  0.458  C3  LLE 31 
LLE O23 O8  O 0 1 N N N N N N 22.471 -18.198 14.588 5.494   0.628  -0.753 O23 LLE 32 
LLE C2  C21 C 0 1 N N N N N N 20.863 -18.695 16.138 6.854   0.364  1.028  C2  LLE 33 
LLE C9  C22 C 0 1 N N N N N N 20.058 -17.748 15.833 7.953   0.099  0.216  C9  LLE 34 
LLE O20 O9  O 0 1 N N N N N N 20.328 -16.851 14.925 7.815   0.099  -1.131 O20 LLE 35 
LLE O21 O10 O 0 1 N N N N N N 17.271 -16.994 15.342 10.165  -0.447 -1.353 O21 LLE 36 
LLE O22 O11 O 0 1 N N N N N N 15.348 -16.421 16.654 12.578  0.415  -1.395 O22 LLE 37 
LLE C43 C23 C 0 1 N N N N N N 13.894 -16.472 18.837 14.318  -2.049 -0.299 C43 LLE 38 
LLE O24 O12 O 0 1 N N N N N N 13.037 -16.226 18.027 13.505  -2.579 -1.019 O24 LLE 39 
LLE H1  H1  H 0 1 N N N N N N 14.057 -18.538 18.329 14.810  0.014  -0.058 H1  LLE 40 
LLE H2  H2  H 0 1 N N N N N N 15.242 -17.964 19.551 14.043  -0.738 1.362  H2  LLE 41 
LLE H3  H3  H 0 1 N N N N N N 17.045 -18.708 18.242 11.713  -0.592 1.622  H3  LLE 42 
LLE H4  H4  H 0 1 N N N N N N 19.088 -18.336 17.637 9.297   -0.240 1.865  H4  LLE 43 
LLE H5  H5  H 0 1 N N N N N N 22.265 -20.930 15.930 4.631   1.796  1.946  H5  LLE 44 
LLE H6  H6  H 0 1 N N N N N N 23.018 -19.836 17.141 4.242   0.060  1.987  H6  LLE 45 
LLE H7  H7  H 0 1 N N N N N N 13.562 -14.729 20.005 15.683  -2.900 1.103  H7  LLE 46 
LLE H8  H8  H 0 1 N N N N N N 14.071 -16.179 20.933 15.632  -3.721 -0.475 H8  LLE 47 
LLE H9  H9  H 0 1 N N N N N N 15.269 -15.285 19.938 16.450  -2.148 -0.317 H9  LLE 48 
LLE H10 H10 H 0 1 N N N N N N 19.858 -30.028 8.995  -10.753 -0.214 0.019  H10 LLE 49 
LLE H11 H11 H 0 1 N N N N N N 18.604 -28.955 9.705  -9.022  -0.474 0.340  H11 LLE 50 
LLE H12 H12 H 0 1 N N N N N N 20.009 -32.066 8.076  -8.182  -3.618 0.041  H12 LLE 51 
LLE H13 H13 H 0 1 N N N N N N 16.801 -32.666 10.241 -11.452 -2.117 2.279  H13 LLE 52 
LLE H14 H14 H 0 1 N N N N N N 20.126 -28.315 12.788 -8.266  -1.191 -2.629 H14 LLE 53 
LLE H15 H15 H 0 1 N N N N N N 19.376 -27.598 11.323 -7.825  0.489  -3.017 H15 LLE 54 
LLE H16 H16 H 0 1 N N N N N N 18.501 -28.862 12.252 -7.371  -0.210 -1.444 H16 LLE 55 
LLE H17 H17 H 0 1 N N N N N N 21.025 -30.545 12.755 -11.487 0.601  -2.276 H17 LLE 56 
LLE H18 H18 H 0 1 N N N N N N 19.409 -31.181 12.295 -10.273 0.716  -3.573 H18 LLE 57 
LLE H19 H19 H 0 1 N N N N N N 20.850 -31.583 11.299 -10.723 -0.875 -2.914 H19 LLE 58 
LLE H20 H20 H 0 1 N N N N N N 21.692 -29.796 9.661  -9.121  2.377  -2.072 H20 LLE 59 
LLE H21 H21 H 0 1 N N N N N N 21.733 -27.472 9.407  -10.763 1.682  0.220  H21 LLE 60 
LLE H22 H22 H 0 1 N N N N N N 22.715 -26.990 10.857 -6.721  1.661  -1.603 H22 LLE 61 
LLE H23 H23 H 0 1 N N N N N N 24.192 -28.141 13.135 -5.797  2.722  0.846  H23 LLE 62 
LLE H24 H24 H 0 1 N N N N N N 25.120 -27.530 11.724 -5.919  0.953  1.012  H24 LLE 63 
LLE H25 H25 H 0 1 N N N N N N 24.004 -25.294 12.051 -4.471  0.668  -0.981 H25 LLE 64 
LLE H26 H26 H 0 1 N N N N N N 23.277 -25.937 13.562 -4.349  2.436  -1.146 H26 LLE 65 
LLE H27 H27 H 0 1 N N N N N N 25.786 -23.886 12.883 -1.881  1.399  -0.832 H27 LLE 66 
LLE H28 H28 H 0 1 N N N N N N 26.585 -24.585 15.597 -0.958  2.460  1.617  H28 LLE 67 
LLE H29 H29 H 0 1 N N N N N N 26.855 -23.029 14.741 -1.079  0.692  1.782  H29 LLE 68 
LLE H30 H30 H 0 1 N N N N N N 25.480 -22.722 16.726 0.368   0.407  -0.210 H30 LLE 69 
LLE H31 H31 H 0 1 N N N N N N 24.283 -23.911 16.109 0.490   2.175  -0.375 H31 LLE 70 
LLE H32 H32 H 0 1 N N N N N N 24.992 -20.006 16.110 3.049   0.326  -0.208 H32 LLE 71 
LLE H33 H33 H 0 1 N N N N N N 23.585 -18.776 14.156 3.538   3.153  0.231  H33 LLE 72 
LLE H34 H34 H 0 1 N N N N N N 20.575 -19.388 16.915 6.964   0.365  2.103  H34 LLE 73 
LLE H35 H35 H 0 1 N N N N N N 21.167 -17.047 14.525 8.649   0.001  -1.611 H35 LLE 74 
LLE H36 H36 H 0 1 N N N N N N 16.330 -16.871 15.380 10.985  -0.651 -1.823 H36 LLE 75 
LLE H37 H37 H 0 1 N N N N N N 14.484 -16.067 16.830 11.700  0.783  -1.564 H37 LLE 76 
LLE O1  O13 O 0 1 N Y N N N N 17.424 -31.679 7.871  -10.537 -4.677 0.169  O1  LLE 77 
LLE H39 H39 H 0 1 N N N N N N 16.618 -31.276 8.173  -10.761 -5.198 0.953  H39 LLE 78 
LLE H38 H38 H 0 1 N N N N N N ?      ?       ?      -11.772 -2.781 0.214  H38 LLE 79 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
LLE O25 P24 SING N N 1  
LLE P24 O26 SING N N 2  
LLE P24 O27 SING N N 3  
LLE O33 C32 SING N N 4  
LLE C28 O27 SING N N 5  
LLE C28 C29 SING N N 6  
LLE C32 C29 SING N N 7  
LLE C32 C34 SING N N 8  
LLE C29 C31 SING N N 9  
LLE C29 C30 SING N N 10 
LLE C34 N36 SING N N 11 
LLE C34 O35 DOUB N N 12 
LLE N36 C37 SING N N 13 
LLE C37 C38 SING N N 14 
LLE C38 C39 SING N N 15 
LLE C39 N41 SING N N 16 
LLE C39 O40 DOUB N N 17 
LLE N41 C42 SING N N 18 
LLE O19 C11 SING N N 19 
LLE O23 C3  DOUB N N 20 
LLE S44 C11 SING N N 21 
LLE S44 C12 SING N N 22 
LLE O20 C9  SING N N 23 
LLE C42 C12 SING N N 24 
LLE O21 C7  SING N N 25 
LLE C11 C10 SING N N 26 
LLE C3  C10 SING N N 27 
LLE C3  C2  SING N N 28 
LLE C9  C2  DOUB N Z 29 
LLE C9  C8  SING N N 30 
LLE C7  C8  DOUB N Z 31 
LLE C7  C6  SING N N 32 
LLE O22 C5  SING N N 33 
LLE C6  C5  DOUB N Z 34 
LLE C5  C4  SING N N 35 
LLE O24 C43 DOUB N N 36 
LLE C4  C43 SING N N 37 
LLE C43 C13 SING N N 38 
LLE C4  H1  SING N N 39 
LLE C4  H2  SING N N 40 
LLE C6  H3  SING N N 41 
LLE C8  H4  SING N N 42 
LLE C10 H5  SING N N 43 
LLE C10 H6  SING N N 44 
LLE C13 H7  SING N N 45 
LLE C13 H8  SING N N 46 
LLE C13 H9  SING N N 47 
LLE C28 H10 SING N N 48 
LLE C28 H11 SING N N 49 
LLE O25 H12 SING N N 50 
LLE O26 H13 SING N N 51 
LLE C30 H14 SING N N 52 
LLE C30 H15 SING N N 53 
LLE C30 H16 SING N N 54 
LLE C31 H17 SING N N 55 
LLE C31 H18 SING N N 56 
LLE C31 H19 SING N N 57 
LLE C32 H20 SING N N 58 
LLE O33 H21 SING N N 59 
LLE N36 H22 SING N N 60 
LLE C37 H23 SING N N 61 
LLE C37 H24 SING N N 62 
LLE C38 H25 SING N N 63 
LLE C38 H26 SING N N 64 
LLE N41 H27 SING N N 65 
LLE C42 H28 SING N N 66 
LLE C42 H29 SING N N 67 
LLE C12 H30 SING N N 68 
LLE C12 H31 SING N N 69 
LLE C11 H32 SING N N 70 
LLE O19 H33 SING N N 71 
LLE C2  H34 SING N N 72 
LLE O20 H35 SING N N 73 
LLE O21 H36 SING N N 74 
LLE O22 H37 SING N N 75 
LLE P24 O1  SING N N 76 
LLE O1  H39 SING N N 77 
LLE P24 H38 SING N N 78 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
LLE InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C23H39N2O13PS/c1-14(26)8-15(27)9-16(28)10-17(29)11-18(30)12-20(32)40-7-6-24-19(31)4-5-25-22(34)21(33)23(2,3)13-38-39(35,36)37/h9-11,20-21,27-29,32-33,35-37,39H,4-8,12-13H2,1-3H3,(H,24,31)(H,25,34)/b15-9-,16-10-,17-11-/t20-,21+/m1/s1" 
LLE InChIKey         InChI                1.03  FQZZDEAQTCCCMT-XOXVVNQZSA-N                                                                                                                                                                                                                         
LLE SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "CC(=O)C/C(O)=C/C(O)=C/C(O)=C/C(=O)C[C@H](O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@H](O)C(C)(C)CO[PH](O)(O)O"                                                                                                                                                          
LLE SMILES           CACTVS               3.385 "CC(=O)CC(O)=CC(O)=CC(O)=CC(=O)C[CH](O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[CH](O)C(C)(C)CO[PH](O)(O)O"                                                                                                                                                                
LLE SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(=O)C/C(=C/C(=C/C(=C/C(=O)C[C@H](O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@@H](C(C)(C)COP(O)(O)O)O)/O)/O)/O"                                                                                                                                                         
LLE SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(=O)CC(=CC(=CC(=CC(=O)CC(O)SCCNC(=O)CCNC(=O)C(C(C)(C)COP(O)(O)O)O)O)O)O"                                                                                                                                                                         
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           LLE 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
LLE "Create component" 2019-08-22 PDBE 
LLE "Initial release"  2020-05-27 RCSB 
LLE "Modify PCM"       2024-09-27 PDBE 
# 
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id                             1 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id                            LLE 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id                SER 
_pdbx_chem_comp_pcm.type                               None 
_pdbx_chem_comp_pcm.category                           Crosslinker 
_pdbx_chem_comp_pcm.position                           "Amino-acid side chain" 
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position               "Any position" 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom               P24 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom   OG 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession     ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession      ? 
# 
