data_M7G
# 
_chem_comp.id                                    M7G 
_chem_comp.name                                  "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C11 H18 N5 O11 P2" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    1 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     1999-07-08 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-02-21 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         MDG 
_chem_comp.formula_weight                        458.235 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        1EJ1 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
M7G PA     PA     P 0 1 N N N N N N 4.418  11.773 14.326 -3.923 0.620  -0.367 PA     M7G 1  
M7G O1A    O1A    O 0 1 N N N N N N 4.950  11.847 12.934 -3.792 -0.038 -1.686 O1A    M7G 2  
M7G O2A    O2A    O 0 1 N N N N N N 4.818  10.458 14.881 -4.841 1.934  -0.512 O2A    M7G 3  
M7G O3A    O3A    O 0 1 N N N N N N 5.080  12.946 15.243 -4.606 -0.399 0.676  O3A    M7G 4  
M7G "O5'"  "O5'"  O 0 1 N N N N N N 2.779  11.869 14.344 -2.465 1.040  0.171  "O5'"  M7G 5  
M7G PB     PB     P 0 1 N N N N N N 4.651  14.509 15.233 -5.803 -1.471 0.571  PB     M7G 6  
M7G O1B    O1B    O 0 1 N N N N N N 4.732  15.083 13.864 -5.649 -2.263 -0.669 O1B    M7G 7  
M7G O2B    O2B    O 0 1 N N N N N N 5.611  15.230 16.108 -5.757 -2.454 1.845  O2B    M7G 8  
M7G O3B    O3B    O 0 1 N N N N N N 3.265  14.672 15.747 -7.215 -0.697 0.541  O3B    M7G 9  
M7G "C5'"  "C5'"  C 0 1 N N N N N N 2.039  12.541 13.352 -1.562 1.854  -0.581 "C5'"  M7G 10 
M7G "C4'"  "C4'"  C 0 1 N N R N N N 0.814  11.828 12.892 -0.274 2.059  0.218  "C4'"  M7G 11 
M7G "O4'"  "O4'"  O 0 1 N N N N N N 1.216  10.800 11.925 0.421  0.809  0.356  "O4'"  M7G 12 
M7G "C3'"  "C3'"  C 0 1 N N S N N N 0.143  10.948 13.900 0.662  3.023  -0.537 "C3'"  M7G 13 
M7G "O3'"  "O3'"  O 0 1 N N N N N N -0.626 11.721 14.854 0.933  4.181  0.255  "O3'"  M7G 14 
M7G "C2'"  "C2'"  C 0 1 N N R N N N -0.812 10.162 12.968 1.957  2.201  -0.754 "C2'"  M7G 15 
M7G "O2'"  "O2'"  O 0 1 N N N N N N -1.840 11.016 12.387 3.115  3.009  -0.538 "O2'"  M7G 16 
M7G "C1'"  "C1'"  C 0 1 N N R N N N 0.231  9.736  11.939 1.833  1.107  0.336  "C1'"  M7G 17 
M7G N9     N9     N 0 1 Y N N N N N 1.103  8.581  12.346 2.606  -0.081 -0.036 N9     M7G 18 
M7G C8     C8     C 0 1 Y N N N N N 2.255  8.468  13.018 2.147  -1.152 -0.747 C8     M7G 19 
M7G N7     N7     N 1 1 Y N N N N N 2.546  7.200  13.107 3.101  -2.024 -0.895 N7     M7G 20 
M7G CM7    CM7    C 0 1 N N N N N N 3.715  6.625  13.762 2.980  -3.300 -1.604 CM7    M7G 21 
M7G C5     C5     C 0 1 Y N N N N N 1.539  6.346  12.451 4.225  -1.567 -0.291 C5     M7G 22 
M7G C6     C6     C 0 1 N N N N N N 1.359  5.107  12.262 5.536  -2.076 -0.133 C6     M7G 23 
M7G O6     O6     O 0 1 N N N N N N 2.153  4.183  12.691 5.846  -3.158 -0.601 O6     M7G 24 
M7G N1     N1     N 0 1 N N N N N N 0.186  4.886  11.550 6.435  -1.332 0.548  N1     M7G 25 
M7G C2     C2     C 0 1 N N N N N N -0.681 5.853  11.090 6.077  -0.123 1.066  C2     M7G 26 
M7G N2     N2     N 0 1 N N N N N N -1.753 5.491  10.421 7.012  0.611  1.753  N2     M7G 27 
M7G N3     N3     N 0 1 N N N N N N -0.476 7.133  11.294 4.863  0.361  0.927  N3     M7G 28 
M7G C4     C4     C 0 1 Y N N N N N 0.663  7.369  12.000 3.921  -0.317 0.260  C4     M7G 29 
M7G HOA2   HOA2   H 0 0 N N N N N N 5.313  9.976  14.229 -4.970 2.417  0.316  HOA2   M7G 30 
M7G HOB2   HOB2   H 0 0 N N N N N N 6.063  15.895 15.602 -6.451 -3.127 1.849  HOB2   M7G 31 
M7G HOB3   HOB3   H 0 0 N N N N N N 2.733  15.107 15.091 -7.384 -0.156 1.325  HOB3   M7G 32 
M7G "H5'1" "H5'1" H 0 0 N N N N N N 1.734  13.518 13.756 -1.330 1.361  -1.525 "H5'1" M7G 33 
M7G "H5'2" "H5'2" H 0 0 N N N N N N 2.694  12.692 12.481 -2.025 2.820  -0.780 "H5'2" M7G 34 
M7G "H4'"  "H4'"  H 0 1 N N N N N N 0.094  12.532 12.448 -0.509 2.463  1.203  "H4'"  M7G 35 
M7G "H3'"  "H3'"  H 0 1 N N N N N N 0.859  10.271 14.389 0.225  3.309  -1.493 "H3'"  M7G 36 
M7G "HO3'" "HO3'" H 0 0 N N N N N N -1.038 11.135 15.478 1.518  4.822  -0.171 "HO3'" M7G 37 
M7G "H2'"  "H2'"  H 0 1 N N N N N N -1.238 9.291  13.487 1.974  1.759  -1.750 "H2'"  M7G 38 
M7G "HO2'" "HO2'" H 0 0 N N N N N N -2.403 10.497 11.824 3.188  3.762  -1.140 "HO2'" M7G 39 
M7G "H1'"  "H1'"  H 0 1 N N N N N N -0.225 9.572  10.952 2.159  1.490  1.303  "H1'"  M7G 40 
M7G H81    H81    H 0 1 N N N N N N 2.840  9.283  13.416 1.143  -1.260 -1.129 H81    M7G 41 
M7G HM71   HM71   H 0 0 N N N N N N 3.685  5.529  13.672 3.234  -3.158 -2.655 HM71   M7G 42 
M7G HM72   HM72   H 0 0 N N N N N N 4.629  7.007  13.283 3.661  -4.028 -1.162 HM72   M7G 43 
M7G HM73   HM73   H 0 0 N N N N N N 3.714  6.905  14.826 1.956  -3.665 -1.524 HM73   M7G 44 
M7G HN1    HN1    H 0 1 N N N N N N -0.051 3.935  11.353 7.340  -1.660 0.669  HN1    M7G 45 
M7G HN21   HN21   H 0 0 N N N N N N -2.388 6.185  10.082 7.912  0.267  1.864  HN21   M7G 46 
M7G HN22   HN22   H 0 0 N N N N N N -1.933 4.522  10.252 6.772  1.473  2.128  HN22   M7G 47 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
M7G PA    O1A    DOUB N N 1  
M7G PA    O2A    SING N N 2  
M7G PA    O3A    SING N N 3  
M7G PA    "O5'"  SING N N 4  
M7G O2A   HOA2   SING N N 5  
M7G O3A   PB     SING N N 6  
M7G "O5'" "C5'"  SING N N 7  
M7G PB    O1B    DOUB N N 8  
M7G PB    O2B    SING N N 9  
M7G PB    O3B    SING N N 10 
M7G O2B   HOB2   SING N N 11 
M7G O3B   HOB3   SING N N 12 
M7G "C5'" "C4'"  SING N N 13 
M7G "C5'" "H5'1" SING N N 14 
M7G "C5'" "H5'2" SING N N 15 
M7G "C4'" "O4'"  SING N N 16 
M7G "C4'" "C3'"  SING N N 17 
M7G "C4'" "H4'"  SING N N 18 
M7G "O4'" "C1'"  SING N N 19 
M7G "C3'" "O3'"  SING N N 20 
M7G "C3'" "C2'"  SING N N 21 
M7G "C3'" "H3'"  SING N N 22 
M7G "O3'" "HO3'" SING N N 23 
M7G "C2'" "O2'"  SING N N 24 
M7G "C2'" "C1'"  SING N N 25 
M7G "C2'" "H2'"  SING N N 26 
M7G "O2'" "HO2'" SING N N 27 
M7G "C1'" N9     SING N N 28 
M7G "C1'" "H1'"  SING N N 29 
M7G N9    C8     SING Y N 30 
M7G N9    C4     SING Y N 31 
M7G C8    N7     DOUB Y N 32 
M7G C8    H81    SING N N 33 
M7G N7    CM7    SING N N 34 
M7G N7    C5     SING Y N 35 
M7G CM7   HM71   SING N N 36 
M7G CM7   HM72   SING N N 37 
M7G CM7   HM73   SING N N 38 
M7G C5    C6     SING N N 39 
M7G C5    C4     DOUB Y N 40 
M7G C6    O6     DOUB N N 41 
M7G C6    N1     SING N N 42 
M7G N1    C2     SING N N 43 
M7G N1    HN1    SING N N 44 
M7G C2    N2     SING N N 45 
M7G C2    N3     DOUB N N 46 
M7G N2    HN21   SING N N 47 
M7G N2    HN22   SING N N 48 
M7G N3    C4     SING N N 49 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
M7G SMILES           ACDLabs              12.01 "O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCC1OC(n2c[n+](C)c3c2N=C(N)NC3=O)C(O)C1O"                                                                                                                                        
M7G InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C11H17N5O11P2/c1-15-3-16(8-5(15)9(19)14-11(12)13-8)10-7(18)6(17)4(26-10)2-25-29(23,24)27-28(20,21)22/h3-4,6-7,10,17-18H,2H2,1H3,(H5-,12,13,14,19,20,21,22,23,24)/p+1/t4-,6-,7-,10-/m1/s1" 
M7G InChIKey         InChI                1.06  SBASPRRECYVBRF-KQYNXXCUSA-O                                                                                                                                                                         
M7G SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "C[n+]1cn([C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]2O)c3N=C(N)NC(=O)c13"                                                                                                                
M7G SMILES           CACTVS               3.385 "C[n+]1cn([CH]2O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]2O)c3N=C(N)NC(=O)c13"                                                                                                                      
M7G SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[n+]1cn(c2c1C(=O)NC(=N2)N)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CO[P@](=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O"                                                                                                               
M7G SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[n+]1cn(c2c1C(=O)NC(=N2)N)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O"                                                                                                                                    
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
M7G "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 
;7-methylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)
;
M7G "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
M7G "Create component"   1999-07-08 RCSB 
M7G "Modify descriptor"  2011-06-04 RCSB 
M7G "Other modification" 2024-02-21 RCSB 
# 
